Jenis-jenis dan persebaran fauna di Indonesia sangat erat kaitanya dengan sejarah terbentuknya daratan di Indonesia yang berawal pada zaman es. Pada masa zaman es, wilayah Indonesia bagian Barat yang disebut juga Dataran Sunda masih menyatu dengan Benua Asia, sedangkan Indonesia bagian Timur yang disebut juga Dataran Sahul menyatu dengan Benua Australia. Dataran Sunda dan Dataran Sahul juga masih berupa daratan belum dipisahkan oleh laut dan selat.
Keadaan tersebut menyebabkan terjadinya keaneka ragaman flora dan fauna di Indonesia bagian Barat seperti Jawa, Bali, Kalimantan, dan Sumatera pada umumnya menunjukkan kemiripan dengan flora di Benua Asia. Begitu pula dengan flora dan fauna di Indonesia bagian Timur seperti Irian Jaya dan pulau-pulau disekitarnya pada umumnya mempunyai kemiripan dengan flora dan fauna di benua Australia. Jadi, Indonesia pada masa itu menjadi jembatan penghubung persebaran hewan dari Asia dan Australia.
Kemudian, pada akhir zaman es, suhu permukaan bumi naik sehingga permukaan air laut naik kembali. Naiknya permukaan air laut mengakibatkan Jawa terpisah dengan Benua Asia, kemudian terpisah dari Kalimantan dan terakhir dari Sumatera. Selanjutnya Sumatera terpisah dari Kalimantan kemudian dari Semenanjung Malaka dan terakhir Kalimantan terpisah dari Semenanjung Malaka.
Seorang berkebangsaan Inggris bernama Wallace mengadakan penelitian mengenai penyebaran hewan bagian Barat dengan hewan di Indonesia bagian Timur. Batasnya di mulai dari Selat Lombok sampai ke Selat Makasar. Oleh sebab itu, garis batasnya dinamakan garis Wallace. Batas ini bersamaan pula dengan batas penyebaran binatang dan tumbuhan dari Asia ke Indonesia. Di samping itu seorang peneliti berkebangsaan Jerman bernama Weber, berdasarkan penelitiannya tentang penyebaran fauna di Indonesia, menetapkan batas penyebaran hewan dari Australia ke Indonesia bagian Timur. Garis batas tersebut dinamakan garis Weber. Sedangkan daerah di antara dataran Sunda dan dataran Sahul oleh para ahli biografi disebut daerah Wallace atau daerah Peralihan. Mengapa disebut daerah Peralihan? Karena di daerah ini terdapat beberapa jenis hewan Asia dan Australia, jadi merupakan daerah transisi antara dataran Sunda dan dataran Sahul.