Bioteknologi telah banyak menghasilkan produk untuk meningkatkan kesejahteraan rakyat. Namun, perlu diperhatikan juga dampak negatif dari produk-produk tersebut. Berikut dampak negatif yang mungkin diakibatkan dari produk bioteknologi.
1. Alergi
Gen asing yang disisipkan pada organisme yang menjadi makanan manusia dapat menyebabkan alergi pada individu tertentu. Untuk mencegahnya, perlu dilakukan pengujian dalam jangka waktu yang lama. Hal ini dilakukan untuk memastikan ada tidaknya dampak atau efek negatif dari produk tersebut. Selain itu, produk yang mengandung organisme hasil rekayasa genetika harus diberi label dengan jelas guna memberi informasi kepada konsumen mengenai produk yang dikonsumsi.
2. Hilangnya Plasma Nutfah
Plasma nutfah atau keanekaragaman makhluk hidup dapat musnah akibat dari perkembangan bioteknologi karena hanya mempertahankan organisme yang unggul saja. Sedangkan organisme tidak unggul akan punah. Hilangnya plasma nutfah dapat ditanggulangi dengan cara melakukan pemeliharaan berbagai jenis hewan dan tumbuhan di suatu situs konservasi tertentu
3. Rusaknya Ekosistem
Gangguan terhadap kondisi normal lingkungan dapat mengganggu keseimbangan ekosistem. Contohnya adalah tanaman kapas Bt dapat membunuh hama ulat yang memakannya. Namun kapas Bt juga berpotensi menyebabkan larva kupu-kupu lain mati yang merupakan organisme nontarget.