Kekuasaan Portugis di Maluku berlangsung cukup lama, sekitar tahun 1512 sampai 1641. Kebijakan-kebijakan yang dipraktikkan selama itu sangat berpengaruh terhadap kehidupan masyarakat Indonesia.
Berikut ini berbagai kebijakan pemerintah kolonial Portugis:
- Berusaha menanamkan kekuasaan di Maluku.
- Menyebarkan agama Katolik di daerah-daerah yang dikuasai.
- Mengembangkan bahasa dan seni musik keroncong Portugis.
- Sistem monopoli perdagangan cengkih dan pala di Ternate.
Dengan kebijakan ini, petani Ternate tidak lagi memiliki kebebasan untuk menjual atau menentukan harga hasil panennya. Mereka harus menjual hasil panennya hanya kepada Portugis dengan harga yang ditentukan oleh Portugis. Akibatnya, petani sangat dirugikan, dan Portugis memperoleh keuntungan yang sangat besar.
Pengaruh dari kebijakan ini ternyata tertanam pada rakyat Indonesia khususnya rakyat Maluku. Ada yang bersifat negatif dan ada yang positif.
Berikut ini berbagai pengaruh yang ditimbulkan dari kebijakan-kebijakan Portugis:
- Terganggu dan kacaunya jaringan perdagangan.
- Banyaknya orang-orang beragama Katolik di daerah pendudukan Portugis.
- Rakyat menjadi miskin dan menderita.
- Tumbuh benih rasa benci terhadap kekejaman Portugis.
- Munculnya rasa persatuan dan kesatuan rakyat Maluku untuk menentang Portugis.
- Bahasa Portugis turut memperkaya perbendaharaan kata/ kosakata dan nama keluarga seperti da Costa, Dias, de Fretes, Mendosa, Gonzalves, da Silva, dan lain-lain.
- Seni musik keroncong yang terkenal di Indonesia sebagai peninggalan Portugis adalah keroncong Morisco.
- Banyak peninggalan arsitektur yang bercorak Portugis dan senjata api/meriam di daerah pendudukan.
Kekuasaan Spanyol yang sempat menjalin hubungan dengan Tidore tidak memiliki pengaruh yang berarti. Mengingat Spanyol segera meninggalkan Tidore karena terbentur Perjanjian Saragosa.