1. Masa Pendudukan Portugis dan Spanyol
Masuknya agama Kristen Katolik ke Indonesia seiring dengan masuknya bangsa Spanyol dan Portugis ke Indonesia.
Agama Katolik masuk ke Maluku dirintis oleh saudagar Portugis bernama Gonzalo Veloso dan seorang pastor bernama Simon Vas. Persebaran agama Kristen Katolik dilakukan oleh sebuah lembaga yang dinamakan missi, yang berpusat di Vatikan, Roma. Perkembangan agama Katolik menunjukkan kemajuan yang pesat sejak rohaniwan Portugis yang bernama Fransiscus Xavierius dan Ignatius Loyola melakukan kegiatan keagamaan di tengah-tengah masyarakat Ambon, Ternate, dan Morotai antara tahun 1546 – 1547.
2. Masa Pendudukan Belanda dan Inggris
Kehadiran Belanda di Indonesia mengubah peta pengkristenan di beberapa daerah di Indonesia. Belanda adalah penganut Protestan yang beraliran Calvinis. Di Maluku sebagian besar penduduk yang telah beragama Katolik berganti menjadi Calvinis. VOC melarang missi Katolik melakukan kegiatan keagamaan.
Kegiatan penyebaran agama Kristen Protestan dilakukan oleh zending. Tokoh-tokoh zending Belanda di Indonesia antara lain Dr. Nomensen, Sebastian Dan Chaerts, dan Hernius. Kegiatan zending Belanda yang ada di Indonesia antara lain:
a. mendirikan Nederlandsch Zendeling Genootschap (NZG) yaitu perkumpulan yang berusaha menyebarkan agama Kristen Protestan, dan
b. mendirikan sekolah-sekolah yang menitikberatkan pada upaya-upaya penyebaran ajaran Kristen Protestan.
Memasuki abad ke-19, penyebaran agama Kristiani semakin meluas ke berbagai wilayah di Indonesia. Kelompok missionaris dan zending dari gereja reformasi Eropa maupun Amerika mulai berdatangan. Pada masa pendudukan Inggris tahun 1814, kelompok rohaniwan yang terhimpun dalam NZG (Nederlandsche Zendeling Genootschap) dari Belanda, didukung oleh kelompok LMS (London Missionary Society), memulai aktivitas keagamaan mereka, terutama ditujukan kepada penduduk lokal.
Berbagai organisasi missi dan zending di daerah mulai bekerja secara otonomi, seperti:
a. Ordo Herlege Hart (Hati Suci), bertanggung jawab penuh atas wilayah Papua,
b. Societeit van het Goddelijk Woord (Serikat Sabda Allah), bertanggung jawab di kawasan Flores dan Timor, dan
c. Kelompok Kapusin, bertanggung jawab di kawasan Sumatra dan Kalimantan.
Menurut peraturan yang dikeluarkan pemerintah Hindia Belanda pada tahun 1854, zending dan missionaris Kristiani harus memiliki izin khusus dari Gubernur Jenderal untuk melakukan kegiatan ‘dakwah’. Seiring dengan peraturan itu, daerah Banten, Aceh, Sumatra Barat, dan Bali tertutup untuk kegiatan missi Kristen apa pun. Dengan demikian, penduduk muslim yang berada di Banten, Aceh, dan Sumatra Barat tidak terusik oleh kegiatan missi. Wilayah Ambon dan sekitarnya oleh pihak pemerintah kolonial menjadi hak eksklusif para zending. Daerah Batak juga menjadi wilayah eksklusif bagi kegiatan para zending tahun 1807.
Salah satu fenomena yang menarik dari perkembangan agama Nasrani di Indonesia adalah munculnya gereja-gereja lokal. Jika sebelumnya sebagian besar pemeluk agama Kristiani di Jawa terdiri dari penduduk perkotaan, di bawah gerejagereja lokal berkembang komunitas Kristiani di daerah pedesaan. Pertemuan ajaran Kristiani Eropa dengan unsur-unsur lokal di Jawa kemudian menghasilkan gereja-gereja lokal seperti Pasumahan Kristen Jawa Merdika (PKJM), Gereja Kristen Jawa (GKJ), Gereja Kristen Sunda (GKS), dan Gereja Kristen Jawi Wetan (GKJW). Salah satu tokoh yang terkenal dari gereja lokal adalah Kiai Sadrach Surapranata. Di pulau-pulau lain selain Jawa di Indonesia juga terdapat beberapa gereja lokal. Hal ini dapat ditemukan di kalangan masyarakat Batak ( Sumatra Utara ) dan Minahasa (Sulawesi Utara).
Pengetahuan:
Penyebaran Kristen di Indonesia pada dasarnya dapat dibedakan menjadi 2, yaitu penyebaran Katolik dan penyebaran Protestan. Penyebaran Katolik diprakarsai oleh para rohaniwan yaitu para pastor dan biarawan, sedangkan penyebaran Kristen Protestan dirintis oleh para pendeta atau pengabar Injil.
Jean Calvin (1509 – 1564) adalah pencetus ajaran Calvinisme. Ia mengajarkan paham baru yang bertentangan dengan ajaran Kristen Katolik, yaitu mengajarkan bahwa kekuasaan Tuhan tidak terbatas, gereja dipisahkan dari kekuasaan pemerintahan duniawi, menentang keras perzinahan, judi, mabok dan lagu-lagu porno. Negara yang menganut adalah Belanda, Inggris, Skotlandia, Swiss, Hungaria, dan sebagainya.